En 1500, Cisneros bendice el primer sillar sobre el que se levantaría el edificio:
"En un hueco, encima de la primera piedra, se echó por su mano unas monedas de oro y plata y una imagen de bronce de fraile franciscano con sotana y capucha como de un palmo de grande en cuyo interior, pues era hueca, pusieron un pergamino con los nombres de Cisneros y Gumiel y la fecha de aquel día memorable. Todo ello en la esquina derecha del frontispicio.."
El 26 de julio de 1508 se abrieron las puertas a los primeros estudiantes, y hasta 1513 durarían las obras de esta "primera ciudad universitaria" (en esta fecha son fundados siete Colegios Menores en la Villa)
Las construcciones de Alcalá, incluida la universidad estaban cimentadas en piedra y se realizaron sobre dos hiladas de sillares sobre las que se construía el ladrillo. Los modestos materiales empleados fueron la causa de que en 1527 fuese necesario acondicionar su fábrica, sustituyéndola a partir de 1930 por otra de piedra: en 1553, Rodrigo Gil de Hontañón finalizó las obras de embellecimiento de la fachada principal con decoración escultórica en piedra jerarquizada en un potente cuerpo central.
En este sentido cabe destacar el comentario del rey Católico a Cisneros durante una visita en 1513 al Colegio :" He venido a censurar vuestra obra, pero no puedo hacer otra cosa sino admirarla por su maravilla; y ¿cómo teniendo tan hermosos planos habéis hecho solamente una fábrica de tierra y ladrillo? A lo que Cisneros respondió:"Señor, porque lo que yo ahora he levantado de tierra, los escolares y maestros que me sucedan lo edificarán con mármoles".